قرار است تا Sniper: Ghost Warrior 3 در زمینه داستان دست به یک انقلاب در این سری بزند و حرف‌‎های زیادی برای گفتن داشته باشد. در اولین گام، آن‌ها به سراغ شخصیتی جدید رفته‌اند تا داستانی نو را روایت کنند. این قهرمان جدید جاناتان نورث (Jonathan North) نام دارد، یک فرمانده سابق نیروی دریایی که با وجود بازنشسته بودن، برای بر عهده گرفتن ماموریتی خطیر دوباره فرا خوانده می‌شود.

او که گویی از گذشته‌اش خاطرات بسیار تلخی دارد، به هیچ وجه دوست ندارد تا دوباره دست به اسلحه بزند و ماشه‌اش را بکشد، اما، مجبور است که این ماموریت را قبول کند. حال این که چرا قبول می‌کند تا این ماموریت را انجام دهد در هاله‌ای از ابهام قرار دارد.

بازی در دنیایی رقم می‌خورد که آتش سوزان جنگ در حال زبانه کشیدن به هر سویی است و مبدا این آتش لعنتی هم کشور گرجستان است. گرجستان از طرفی درگیر یک جنگ داخلی سهمگین است و از طرف دیگر، مجبور است با کشورهای همسایه‌اش نیز دست به نبردی خونین ببرد. این که چرا گرجستان درگیر یک جنگ داخلی است و چرا مجبور است با کشورهای دیگر بجنگد همچون انگیزه‌های نورث برای بر عهده گرفتن ماموریت‌اش، هنوز مشخص نشده است.

چیزی که Sniper: Ghost Warrior 3 به آن می‌بالد و حساب زیادی هم روی آن باز کرده، آن شخصیت منفی است. هنوز نه نامی از او به گوش رسیده و نه انگیزه‌هایش مشخص شده‌اند، ولی اعلام شده که او با گذشته جاناتان نورث ارتباط تنگاتنگ و جدایی ناپذیری دارد.

این که این رابطه مسالمت‌ آمیز بوده یا او مسبب اصلی تمامی خاطرات بد نورث است هم هنوز مشخص نیست. احتمال این که نورث از این شخص خاص خاطرات بدی داشته باشد زیاد است، چرا که در این صورت می‌توان دست به اسلحه بردن دوباره نورث را به دلایل شخصی و انتقام گیری او از این شخصیت مرموز نسبت داد.

هنوز جزئیات بیشتری از داستان بازی فاش نشده و به نظر هم نمی‌رسد که دیگر اطلاعات خاص دیگری حداقل در مورد بخش داستانی بازی به گوش طرفداران برسد، ولی همین اطلاعاتی که به بیرون درز پیدا کرده‌اند هم آن قدر کافی هستند تا به این نکته پی ببریم که پایه و اساس داستان بازی نسبت به نسخه‌های قبلی بسیار مستحکم‌تر است و پتانسیل بیشتری برای راضی کردن منتقدان و طرفداران دارد، ولی با توجه به سابقه سی آی اینتراکتیو نمی‌توان در مورد هیچ چیز اطمینان خاطر پیدا کرد.