وقایع نسخه دوم پس از نسخه Gods Among Us رخ می‌دهد. جایی که بتمن با شکست سوپرمن رژیم وی را سرنگون کرده و سعی دارد یک بار دیگر صلح را به وجود بیاورد. از طرفی گوریلا گراد این فرصت را غنیمت شمرده و با کنترل کردن ذهن سایر شخصیت‌های منفی، گروهی به نام جامعه (The Society) را تاسیس کرده و قصد دارد حکومت مخصوص به خود را به وجود بیاورد. حال بتمن با جمع آوری قهرمان‌هایی که به سوپرمن و رژیم کمک می‌کردند،

می‌بایست جلوی گوریلا گراد و تیمش را بگیرد. اما این تمام مشکلات بتمن در دانلود بازی Injustice 2 نیست. مشکل اصلی از جایی شروع می‌شود که برینیاک برای اثبات خود به عنوان قدرت برتر به سراغ زمین می‌آید تا بتواند آزمایش‌های خود را انجام داده و زمین و هر قهرمانی را که بر سر راهش قرار می‌گیرد، بین ببرد.

جدای از این موارد، دنیای بازی Injustice 2 میزبان شخصیت‌های جدیدی است که هرکدام داستان خاص خود را پیش خواهند برد و نتیجه کار روی داستان کلی بازی تاثیر گذار است. برای مثال سوپرگرل برای محافظ از پسر عموی خود وارد زمین می‌شود ولی بی‌خبر از همه اتفاقات رخ داده است و احتمال می‌رود در طول بازی شاهد درگیری‌هایی بین سوپرگرل و بتمن باشیم.

تا به حال ۲۹ شخصیت برای بازی Injustice 2 معرفی شده‌اند که سی‌امین شخصیت نیز در روز عرضه بازی معرفی می‌شود و ظاهرا مابقی شخصیت‌ها به مرور زمان در قالب بسته‌های الحاقی متفاوت به دنیای بازی اضافه خواهند شد.